Das Schweizerische Seeschifffahrtsamt (SSA) des EDA hat die Aufsicht über die Schweizer Handelsflotte. Die Schiffe befinden sich in privatem Eigentum. Der Bund kann sie jedoch in Krisen- und Kriegszeiten in den Dienst der wirtschaftlichen Landesversorgung stellen. Das SSA mit Sitz in Basel führt auch ein Register für alle Schweizer Jachten und Klein- und Küstenboote.