Das SSA erteilt Flaggenbestätigungen für Kleinboote der EC-Entwurfskategorie C, die in ausländischen Binnengewässern und in Küstengewässern fahren, wenn die kantonalen Schiffsausweise von den betreffenden ausländischen Staaten nicht anerkannt werden. Diese Boote unterliegen nicht denselben technischen Vorschriften wie die Jachten. Schiffe, die ins Schweizerische Jachtregister eingetragen werden können, werden nicht als Kleinboot registriert.

Die Flaggenbestätigung gilt für Küstengewässer und ausländische Binnenwasserstrassen. Grundlage für deren Ausstellung ist Artikel 12a der Verordnung über die schweizerischen Jachten zur See vom 15.03.1971.

Für Boote, die in einem kantonalen Register eingetragen sind, ist keine Sicherheitsprüfung erforderlich, wenn der gültige Schiffsausweis im Original vorgewiesen wird. Für alle andern ist ein Sicherheitszeugnis einzureichen, das bestätigt, dass das Schiff in seinem gegenwärtigen Zustand die Anforderungen für die Küstenfahrt erfüllt und entsprechend ausgerüstet ist. Dieses Zeugnis muss in Deutsch, Französisch, Italienisch oder Englisch ausgestellt sein.