L’organisation de la DDC s’articule en six divisions: une division humanitaire, une division multilatérale et une division thématique ainsi que trois divisions géographiques. Par ailleurs, la division Fondements et qualité, le service spécialisé Conseil financier, le service spécialisé Gestion de la communication et le Secrétariat Commission consultative de la coopération internationale dispensent conseils et assistance à l’ensemble de la DDC.