La Suisse a joué un rôle actif dans l'accord de cessez-le-feu conclu en 2002 entre le Gouvernement soudanais et le Mouvement populaire de libération du Soudan (MPLS). Bien que le Soudan possède un réel potentiel économique, les échanges commerciaux et les investissements entre les deux pays sont limités. Si l'aide humanitaire suisse est présente sur le terrain, le Soudan n'est pas un pays prioritaire de la Direction du développement et de la coopération (DDC).
Le Soudan, qui était jusque-là le plus grand pays d'Afrique, a été scindé en deux pays le 9 juillet 2011, lorsque la population du Sud a voté en faveur de l'indépendance.