Das Schweizerische Seeschifffahrtsamt des EDA hat die Aufsicht über die Schweizer Handelsflotte. Die Schiffe befinden sich in privatem Eigentum. Der Bund kann sie jedoch in Krisen- und Kriegszeiten in den Dienst der wirtschaftlichen Landesversorgung stellen.

Das Schweizerische Seeschifffahrtsamt SSA des EDA hat die administrative, betriebliche und technische Aufsicht als zuständige Flaggenstaats- und Zulassungsbehörde für die seegehenden Schweizer Handelsschiffe, deren Betreiber und Besatzungen, wie auch für die Sport- und Vergnügungsschifffahrt unter der Schweizer Flagge auf See. Das SSA mit Sitz in Basel führt zu diesem Zweck u.a. auch das Register der seegehenden Schweizer Jachten sowie der Klein- und Küstenschiffe, derweil das Register der seegehenden Handelsschiffe (Schweizerisches Seeschiffsregister) vom Grundbuch- und Vermessungsamt des Kantons Basel-Stadt geführt wird. 

Das SSA vertritt ebenfalls die Interessen der Schweiz im Bereich der internationalen Schifffahrt in einer Vielzahl internationaler Gremien, die sich mit der Schifffahrt befassen, namentlich etwa der internationalen Seeschifffahrtsorganisation IMO in London und der Zentralkommission für die Rheinschifffahrt ZKR in Strasbourg. Das SSA beschäftigt ein kleines Team von 8 Fachspezialist/Innen und Jurist/Innen.