Les PCRI constituent le principal instrument de l’UE pour mettre en œuvre sa politique scientifique et technologique. Ils ont été mis en place en premier lieu dans le but de favoriser la capacité d’innovation du continent européen à travers une mise en réseau transfrontalière des capacités européennes de recherche. Les PCRI revêtent une importance particulière pour la coopération internationale de la Suisse en matière de recherche et d’innovation.
La Suisse et l’UE collaborent de longue date et avec succès dans le domaine de la recherche et de l’innovation. En 1978 déjà, la Suisse avait conclu un accord sur la recherche avec la Communauté européenne de l’énergie atomique (Euratom) dans le but de renforcer la coopération européenne en la matière. À partir de 1987, les chercheurs suisses ont pris part à certains projets dans le cadre des PCRI de l’UE. Jusqu’à 2003, les chercheurs des institutions basées en Suisse, en tant que participants d’un pays tiers, pouvaient participer seulement de manière restreinte et grâce à un financement direct de la Confédération. L’entrée en vigueur d’un accord entre la Suisse et l’UE au 1er janvier 2004 a permis à la Suisse de participer en tant qu’État associé, avec tous les droits et les obligations qui découlent de ce statut, au 6e PCRI (2003-2006) et au programme de recherche et de formation Euratom. Les Accords bilatéraux I (1999) forment la base de la pleine participation de la Suisse au PCRI en tant qu’État associé. Outre l’accord sur la libre circulation des personnes (ALCP), ceux-ci englobent six autres accords sectoriels, dont celui sur la recherche. Compte tenu de la durée limitée des PCRI, l’accord sur la recherche est le seul des Accords bilatéraux I à devoir être renouvelé lors de chaque nouvelle génération de programmes. Il a été reconduit en 2007 pour tout le 7e PCRI (2007-2013). Le 8e PCRI, «Horizon Europe», a démarré le 1er janvier 2014 pour une durée de sept ans (jusqu’à fin 2020). Il réunissait sous un même toit les PCRI en cours, jusqu’alors séparés, le programme Euratom et le projet international de réacteur de fusion nucléaire ITER. Le 5 décembre 2014, la Suisse et l’UE ont conclu un accord sur une participation partielle de la Suisse à «Horizon 2020», qui s’appliquait avec effet rétroactif du 15 septembre 2014 à fin 2016. C’est à ce titre, en tant qu’État associé, que la Suisse a pris part à certains volets du programme «Horizon 2020», avant d’être pleinement associée à l’ensemble des programmes, y compris Euratom, à partir du 1er janvier 2017.