L’OSNM vérifie que les conditions juridiques et techniques d’immatriculation sont remplies et délivre des certificats de pavillon aux propriétaires de yacht qui en font la demande. Le certificat de pavillon est délivré exclusivement aux particuliers et aux associations suisses ayant pour vocation d’encourager les sports nautiques et la navigation de plaisance. Quelque 1600 yachts de haute mer de la catégorie de conception A ou B selon les normes CE naviguent actuellement sous pavillon suisse. Ils ne peuvent être utilisés que pour la navigation sportive et de plaisance. Le transport de personnes et de biens à des fins commerciales n’est pas autorisé.
Le certificat de pavillon est valable pour la navigation en mer et dans les eaux étrangères. Sa délivrance est régie par l’art. 5 de l’ordonnance du 15 mars 1971 sur les yachts suisses naviguant en mer (ordonnance sur les yachts, RS 747.321.7).
Sont généralement réputés aptes à prendre la mer les yachts qui disposent d’une cabine habitable et d’un cockpit autovideur, et qui peuvent être équipés conformément aux directives de l’OSNM.
Il est interdit de naviguer en mer sous pavillon suisse sans certificat de pavillon. Les infractions sont punissables conformément à l’art. 143 de la loi fédérale sur la navigation maritime sous pavillon suisse (LNM; RS 747.30).
Il importe tout particulièrement de veiller au respect de l’ordonnance sur les yachts, qui interdit le transport professionnel sur des yachts suisses (art. 17) et n’autorise qu’à titre exceptionnel qu’un yacht suisse soit confié à des tiers (art. 18).