Am 28. Februar 1877 eröffnete Johann Carnot aus Samnaun das erste Schweizerische Konsulat in München. 1920 wurde aus der Vertretung ein Generalkonsulat. Im Jahre 1943 erfolgte die Evakuierung nach Rottach-Egern am Tegernsee, wo man die konsularischen Geschäfte weiterführte. Der damalige Schweizer Generalkonsul Dr. Paul Frei vermittelte 1945 die unversehrte Übergabe des Tegernseer Tales durch die Deutschen an die Amerikaner. Dadurch gelang es ihm, Tausende von Menschen in dem Landkreis vor weiteren Kriegsleiden zu bewahren. Im gleichen Jahr wurde der Sitz der Vertretung wieder nach München verlegt. Seitdem werden die schweizerischen Interessen von der bayerischen Hauptstadt aus wahrgenommen.

Das Schweizerische Generalkonsulat befindet sich seit dem 1. Juli 2014 an der Prinzregentenstrasse 20, 80538 München. Das hochmoderne, repräsentative Bürogebäude befindet sich im Stadtteil Lehel, direkt am Englischen Garten. Diesen Standort zeichnen die exklusive Lage in der Nähe der Bayerischen Staatskanzlei und den Ministerien sowie die gute Erreichbarkeit aus.