In qualità di rappresentanza ufficiale della Svizzera presso la Santa Sede, l'Ambasciata contribuisce ad approfondire e realizzare il potenziale di cooperazione con priorità nella politica estera comune dei due Stati, sostenendo la promozione della pace, i diritti umani e il diritto internazionale umanitario e lo sviluppo sostenibile. L'Ambasciata rappresenta inoltre gli interessi della Svizzera in politica interna, finanza, diritto, scienza, istruzione e cultura. Cura inoltre le relazioni con la Guardia Svizzera Pontificia.

La Svizzera e la Santa Sede hanno valori e interessi simili in diversi ambiti. Tra questi, la promozione della pace, la lotta contro la pena di morte e lo sviluppo sostenibile sono solo alcuni dei più importanti. La decisione del Consiglio federale svizzero del 1° ottobre 2021 di istituire un'ambasciata presso la Santa Sede e la conseguente nomina di un ambasciatore permanente a partire dall'estate del 2022, consentiranno al governo svizzero, di rispondere all'aumento dei compiti diplomatici che ormai si osserva da molti anni nonché di rafforzare il potenziale di cooperazione bilaterale nei settori prioritari della politica estera della Confederazione. La presenza di una rappresentanza diplomatica permanente nel cuore del Vaticano consente un dialogo permanente su questioni politiche e sociali di primaria importanza per le relazioni bilaterali. 

L'istituzione della nuova ambasciata consente anche una più stretta collaborazione con la Guardia Svizzera Pontificia. Dal 1506, questa truppa con più di 100 soldati svizzeri protegge il Papa e la sua residenza.

Inoltre, l'Ambasciata promuove la cooperazione nei settori della scienza e dell'istruzione, con particolare attenzione al rafforzamento della collaborazione tra i due Paesi nel campo della ricerca e dell'innovazione. 

Nel settore della cultura, l'Ambasciata promuove la comprensione reciproca e attua la politica culturale della Svizzera. In particolare, rafforza i contatti con e tra le istituzioni culturali competenti in Svizzera e nel Paese di residenza degli artisti. Gli eventi organizzati dall'Ambasciata o con il suo sostegno, mirano a dare maggiore visibilità all'azione culturale della Svizzera e a creare ponti tra le diverse culture.

Nel campo dei media, l’ambasciata agisce come interfaccia tra il Governo svizzero e le rappresentanze ufficiali nel Paese ospite e tra i media nazionali e internazionali in loco. Coadiuva i giornalisti che lavorano per i media svizzeri.