Le prime relazioni consolari tra i due Paesi risalgono al 1919. Nel 1921 il Consiglio federale riconosce l’indipendenza dell’Estonia e nel 1925 i due Paesi sottoscrivono un accordo commerciale, che consoliderà le relazioni bilaterali tra Svizzera ed Estonia. Nel 1991, con il ritorno all’indipendenza, riprendono le relazioni diplomatiche tra la Svizzera e l’Estonia, interrotte nel 1940 in seguito all’annessione da parte dell’Unione Sovietica. La Svizzera non ha infatti mai riconosciuto tale annessione.
Nell’ambito della cooperazione con l’Europa dell’Est, negli anni 1990 la Svizzera ha fornito aiuti all’Estonia per un totale di circa 22 milioni CHF, concentrandosi in particolare su progetti di protezione ambientale.
L’Ambasciata di Svizzera a Riga (Lettonia) è competente anche per l’Estonia, mentre l’Ambasciata di Estonia a Vienna lo è per la Svizzera.
Estonia, Dizionario storico della Svizzera