Les relations officielles entre les deux pays remontent aux années 1960 avec la conclusion de l’accord sur la libre circulation, le 30 novembre 1961. En 1979, la Suisse a nommé un correspondant consulaire à Andorre-la-Vieille qui a été chargé d’apporter son concours au consulat général, situé jusqu’alors à Marseille.
Le 25 août 1993, suite à l’adoption de la nouvelle Constitution d’Andorre, le Conseil fédéral a reconnu la souveraineté et l’indépendance de l’État. C’est aussi à cette époque qu’Andorre, qui dépendait jusqu’alors du consulat général de Marseille, passe sous la responsabilité du consulat général de Barcelone. Ces modifications dans les relations consulaires ont été conclues suite à un échange de lettres envoyées les 1er novembre 1993 et 22 avril 1994.
En 1995, le Conseil fédéral a décidé de nouer des relations diplomatiques avec Andorre. Le 16 novembre 1995, le premier ambassadeur suisse a été accrédité en Andorre avec résidence à Madrid. Dès lors, l’ambassadeur de Suisse à Madrid est responsable des affaires diplomatiques. Les affaires consulaires ont néanmoins continué d’être gérées depuis le consulat général de Barcelone.